Фотомикрография — фотографирование объектов под микроскопом. Такие непрозрачные объекты, как металл и камень, могут быть отшлифованы, химически протравлены, чтобы показать их структуру, и сфотографированы в отраженном свете с помощью металлургического микроскопа.
Биологические материалы могут быть убиты, окрашены так, чтобы была видна их структура, и установлены на предметные стекла для фотографирования в проходящем свете с помощью обычных световых микроскопов; или, используя ультрафиолетовые, инфракрасные, электронные или рентгеновские микроскопы, можно сделать четкие фотографии живых, неокрашенных образцов. Кинефотомикрография — съемка увеличенных объектов — полезна при изучении роста организмов, движения коллоидов и химических реакций.