К 1944 году на Манхэттенский проект тратилось более 1 миллиарда долларов в год. Ситуацию можно было сравнить со скачками — никто не мог сказать, какая из лошадей (калютронная установка, диффузионная установка или плутониевые реакторы) победит и закончит ли вообще гонку. В июле 1944 года первые калутроны Y-12 работали уже три месяца, но их эффективность составляла менее 50 процентов; главной проблемой было извлечение большого количества материала, который разлетался по внутренностям калутрона, не попадая в приемные бункеры урана-235 или урана-238. Газодиффузионная установка, известная как K-25, была далека от завершения, и главной проблемой оставалось изготовление удовлетворительных барьеров. А первый плутониевый реактор в Хэнфорде был включен в сентябре, но тут же отключился. Решение этой проблемы, которая, как оказалось, была вызвана поглощением нейтронов одним из продуктов деления, заняло несколько месяцев. Эти задержки почти наверняка означали, что война в Европе закончится раньше, чем оружие будет готово. Конечная цель постепенно менялась с Германии на Японию.
В течение 24 часов после смерти Рузвельта 12 апреля 1945 года президент Гарри С. Трумэн получил краткую информацию об атомной бомбе от военного министра Генри Л. Стимсона. 25 апреля Стимсон, при содействии Гровса, более подробно проинформировал Трумэна о состоянии проекта: конструкция пушки на уране-235 была завершена, но достаточное количество урана-235 не будет накоплено примерно до 1 августа. Достаточное количество плутония-239 будет доступно для испытания имплозионной сборки в начале июля; вторая будет готова в августе. Несколько десятков бомбардировщиков B-29 были модифицированы для перевозки оружия, а на Тиниане, на Марианских островах, в 2400 км (1500 миль) к югу от Японии, велось строительство перевалочной базы.
Испытание плутониевого оружия получило название «Тринити»; оно было проведено в 5:29:45 утра 16 июля 1945 года на полигоне Аламогордо в южной части центральной части штата Нью-Мексико. Прогнозы теоретиков относительно энерговыделения, или мощности, устройства варьировались от эквивалента менее 1 000 тонн тротила до эквивалента 45 000 тонн (то есть от 1 до 45 килотонн тротила). На самом деле в результате испытания был получен выход около 21 000 тонн.
